За изпълнението на Стратегическата програма Русенски университет е създадена управленска и административна структура, чието функциониране е регулирано със самостоятелен правилник за дейността на изследователския университет.
В структурата има две управленски нива – Управителен комитет, отговорен за цялостното управление на програмата и Съвещателен борд, осъществяващ мониторингови и съветнически функции, които да гарантират съответствието на научните резултати с изследователските цели.
